Ручей Алаарчинский Южный до слияния с ручьем Чинташ течет в естественном понижении древней ледниковой долины. Мощности ручья не хватает для углубления русла, да и времени после появления ручья на месте ледника прошло еще не достаточно много, чтобы вода могла проточить камень. Объем воды в ручье, берущем начало из озера под перевалом Ала-Арча, в средней части его небольшой долины увеличивается за счет семи родников и крупного левого притока, также берущего начало из горного озера в реликтовом цирке растаявшего сравнительно недавно крупного ледника. В середине лета после 5-7 дней без дождей питание ручья Алаарчинский Южный из верхнего озера прерывается, и на участке длиной более километра он пересыхает.